国家科技部国家菌草工程技术研究中心于2011年12月依托福建农林大学组建，中心实行管理委员会领导下的中心主任负责制，设立专家技术委员会作为管理委员会的技术和政策咨询部门，设置综合管理部、技术研发部、国际合作部、人才培训部、技术推广与服务部等部门及菌草工程技术中试示范基地和优良菌草标准化繁育与栽培示范基地。中心现有工程技术研究、工程技术设计和管理人员146人（固定人员110人，流动人员36人），其中高级职称58人，中级职称60人。获国际科技合作示范基地、全国先进基层党支部、海西产业人才高地等称号。

中心作为菌草技术的发明单位，引领全球菌草科学研究。研究成果获得部、省级等科技奖励共16项，获国家授权发明专利60余项，出版著作18部。“以草代木”栽培食（药）用菌，解决“菌林矛盾”，开辟菌草研究领域，筛选出适宜栽培食（药）用菌的禾本科、豆科等8科的草本植物48种，适宜菌草栽培的木耳科、侧耳科等13科的食（药）用菌55种，筛选出358个菌草培养基配方并研发配套的食（药）用菌栽培工艺技术。从“以草代木”发展菌业拓展至菌草草种选育、菌草生态治理、菌草饲料、菌草菌物饲料、菌草肥料、菌草生物质能源和菌草生物质材料等领域，创建菌草技术体系，为发展高产、优质、高效、生态、安全的新兴产业-菌草业提供科学依据和综合配套的生产技术，推动菌草技术工程化产业化发展，为保护生态环境、科技扶贫与技术援外作出特殊贡献。

中心长期承担福建对口帮扶宁夏、智力支疆、对口帮扶三峡库区和援藏项目，已推广到31个省（市、自治区）的586个县，与全国14个集中连片特困区和贫困县共建菌草技术扶贫示范点71个，为助力精准扶贫提供技术支持。同时中心还长期承担国家援外及国际合作项目，积极开展技术培训和推广。在巴布亚新几内亚、斐济、卢旺达等17国建立菌草技术研究与培训中心或示范基地，与埃及、马来西亚等40余国的政府部门、高校、科研机构建立了合作关系。已承办了310期菌草技术援外培训班，106个国家的13589名专家学者、政府官员、农户参加了培训，并被联合国列为中国-联合国和平与发展基金向全球推广的重点推进项目。已有中、英、日、法、韩、俄、西班牙等18种文字在传播菌草技术。